FFFTPに登録したホスト設定のパスワードを暗号化するためのパスワードが、マスターパスワードです。マスターパスワードを設定することで、安全性が向上します。

マスターパスワードは非常に重要です。必ずマスターパスワードを設定して使用してください。
マスターパスワードの設定は、接続メニューの設定→マスターパスワードの変更で行ってください。

マスターパスワードと各ホストに接続するためのパスワードは、それぞれ独立したものです。マスターパスワードは、ホストに接続する時のパスワードとは関係なく、任意のものを指定することができます。

各ホストに接続するパスワードは、ホストの設定画面に入力することでFFFTPに憶えさせることができますが、マスターパスワードはFFFTPに憶えさせることはできません。忘れないように注意してください。

なお、入力したマスターパスワードの前後にスペースが入っている場合はそれらは取り除かれ、無いものとして扱われます。

もし，毎回マスターパスワードを入力するのが面倒くさいと思う人は，コマンドラインのパラメータでマスターパスワードを設定できます。詳しくはコマンドラインのページを参照してください。